A GenePix microarray szkennerek méltán a legjobb minőséget képviselik az iparágban. A legfontosabb különbség más readerekhez képest, hogy a GenePix készülékek nem-konfokális optikával képesek akár 64 um mélységben begyűjteni a fluoreszcens fényt, sokkal biztosabbá téve az adatok generálását. A GenePix készülékek ugyanazon oldalról gerjesztenek és detektálnak lehetővé téve a nem áttetsző lemezek olvasását is. A detektálandó színek számától függően több modell közül is választhatunk, de mindegyikre jellemző a felhasználó által beállítható felbontás 5 - 100 um/pixel között (2.5 -100 um 4400A).